4.58.5.4 Ensamblaje de Secuencias de ADN (4 horas)

Resultados de la carrera Outcomes:

Temas

1. Fundamento biológico: caso ideal, dificultades, métodos alternativos para secuenciamiento de ADN
2. Modelos formales de ensamblaje: Shortest Common Superstring, Reconstruction, Multicontig
3. Algoritmos para ensamblaje de secuencias: representación de overlaps, caminos para crear superstrings, algoritmo voraz, grafos acíclicos.
4. Heurísticas para ensamblaje: búsqueda de sobreposiciones, ordenación de fragmentos, alineamientos y consenso.

Objetivos de Aprendizaje (Learning Outcomes)

1. Comprender el desafío computacional que ofrece el problema de Ensamblaje de Secuencias. [Familiarizarse (Familiarity)]
2. Entender el principio de modelo formal para ensamblaje. [Evaluar (Assessment)]
3. Conocer las principales heurísticas para el problema de ensambjale de secuencias ADN [Usar (Usage)]

Bibliografía: [Setubal and Meidanis, 1997,Aluru, 2006]